საქართველოს ექიმთა ასოციაციის უმაღლესი ორგანოა ყრილობა (გენერალური ასამბლეა), რომელიც ტარდება რიგით, ყოველ 5 წელიწადში ერთხელ. გენერალური ასამბლეის მიერ მიღებული ნებისმიერი გადაწყვეტილება სავალდებულოა ასოციაციის ყველა წევრისათვის. ასოციაციის რიგგარეშე გენერალური ასამბლეა შესაძლებელია მოწვეულ იქნას პრეზიდენტის ან დირექტორთა საბჭოს სრული შემადგენლობის 2/3-ის მიერ. გენერალური ასამბლეა უფლებამოსილია განსაზღვროს ასოციაციის განვითარების პოლიტიკა და სტრატეგია, აირჩიოს ასოციაციის ლიდერები, განიხილოს ანგარიშები, დაამტკიცოს დირექტორთა საბჭო, შეიტანოს ცვლილებები და დამატებები ასოციაციის წესდებაში. გენერალური ასამბლეა შედგება ასოციაციის პირველადი ორგანიზაციების მიერ წარგზავნილი დელეგატებისაგან. მასში სათათბირო და საარჩევნო ხმის უფლებით ასევე მონაწილეობენ დირექტორთა საბჭოს წევრები და ლიდერები. გენერალური ასამბლეა გადაწყვეტილებას იღებს ხმათა უბრალო უმრავლესობით, გარდა წესდებით გათვალისწინებული განსაკუთრებული საკითხებისა.